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新冠肺炎疫情延燒，為協助紓困，衛福部依特別條例發布補償紓困辦法。若醫療院所、醫療機構、住宿式機構、藥商因配合指揮中心防疫需要而停診或營運困難，可向政府申請補償，該補償紓困辦法可追溯至1月15日。

醫事司司長石崇良表示，衛福部依據「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」訂出補償紓困辦法，今日對外公告。該辦法分為補償、紓困2類，目的在於協助醫療院所、醫療機構、住宿式機構、藥商因應疫情造成的衝擊。

補償辦法規定，醫療院所為配合防疫而全面停診，（例如：醫師被隔離）可依前一年同期健保申報醫療費用點數及掛號費給予補償（不包括藥費及特殊材料費），點數以一點一元計算，或以停診原因存續期間所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償；

石崇良表示，若醫療院所部分停診（例如：工作人員被隔離），整體醫療費用未及前一年同期者，則以停診原因存續期間被停診部分所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償；

若醫療機構、住宿式機構在防疫期間營運困難，例如業務中斷、連續半年醫務收入所得或執行業務所得總額較去年同期少了15％，或3個月掉了30％以上，則可申請補貼停業原因存續期間之損失、信用保證、短期週轉金貸款（補貼利息1年）、員工薪資貸款（補貼利息1年）；

若藥商受新冠肺炎影響，原料藥、中藥材供應不足導致成本超出前3年平均單位成本的1.5倍，或製劑輸入成本超過前3年平均單位成本1.5倍，甚至產線減產或停產等營運困難問題，則可申請補貼成本差額或生產成本。石崇良表示，每種藥最多補貼20萬，一家公司最多補貼100萬。